در حاليكه ايران براي تعيين سرنوشت جنگ، اجراي عمليات نظامي را دنبال ميكرد. عراق براي مقابله با اين وضع، حمله به جزيره خارك و مناطق غيرنظامي را برنامهريزي كرده بود. در نتيجه، پس از فتح خرمشهر، عراق حمله به شهرها را از سر گرفت و به موازات آن، حمله به خارك را آغاز كرد. حمله عراق به شهرها بهويژه حمله موشكي به دزفول و حمله خمپارهاي به شهر اهواز و ديگر مناطق مسكوني به صورت متناوب انجام ميشد، ولي با آغاز عمليات رمضان، حمله به مناطق مسكوني و افراد غيرنظامي به شكل جديد و گستردهاي از سرگرفته شد. به عبارتي ديگر، حمله هوايي دشمن كه در پي طراحي عمليات سرنوشتساز رمضان و همچنين شكست دشمن در عمليات كربلاي يك، دو و سه در تير و شهريورماه افزايش يافته بود، ادامه پيدا كرد و همزمان و پس از آن در ماههاي شهريور، مهر و آبان ماه 1365 مناطق صنعتي،كارگري، اقتصادي و نفتي و نيز شهرها و مناطق مسكوني و مناطق عملياتي زير شديدترين حملههاي هوايي و بمبارانها قرار گرفتند.
عراق از اين كار دو هدف را دنبال ميكرد؛ يكي هدف كوتاهمدت كه جلوگيري از اجراي عمليات سرنوشتساز بود، ديگري هدف بلندمدت كه انهدام منابع ارزي و درآمد كشور و همچنين به ستوه آوردن مردم و برانگيختن مخالفت آنان با جنگ و در نتيجه، تسليم جمهوري اسلامي و پذيرش آتشبس به نحوي كه مطلوب رژيم عراق باشد، بود.
افزايش حمله هوايي عراق و دسترسي به نقاطي كه قبل از اين در توان عراق نبود، علاوه بر اين كه به دليل واگذاري تجهيزات و هواپيماهاي پيشرفتهاي بود كه شوروي و فرانسه در اختيار عراق گذاشته بودند، مرهون همكاري كارشناسان آمريكايي بود.
ايران تا بهمن ماه 1362 از حمله به شهرهاي عراق خودداري ميكرد و جواب حملات ارتش عراق به شهرها را در جبههها ميداد. ايران در چند نوبت اعلام كرد حمله به شهرها و روستا و مردم بيدفاع خلاف قوانين اسلامي و بينالمللي است. ولي فرماندهان ارتش عراق كمترين توجهي به هشدارهاي ايران كه تمركز جنگ در جبههها بود، نكردند و اين باور را داشتند كه ايران توانايي جنگ شهرها را ندارد.
در 22 بهمن ماه 1362 ارتش عراق با حمله موشكي به شهر قهرمانپرور دزفول صدها تن از هموطنان ما را به خاك و خون كشيد. فرماندهان ايران به ساكنان هفت شهر عراق اعلام كردند شهرهاي خود را خالي كنند و 24 ساعت بعد آتش توپخانه خود را روانه آن شهرها كردند.
صدام كه انتظار چنين حمله بزرگي از سوي ايران را نداشت، دستور حمله به شهرهاي ايلام، اسلامآباد غرب، گيلانغرب، مسجد سليمان، انديمشك، بهبهان و... را صادر كرد. وقتي فرماندهان ايران اين شرايط را ديدند به مردم عراق اعلام كردند فقط شهرهاي كربلا، نجف، كاظمين و سامرا امن هستند و از آنها خواستند به شهرهاي مذكور پناه ببرند. سربازان عراقي به دستور فرماندهان خود تلاش كردند مانع از خروج مردم از شهرهاي غيرامن عراق شوند، ولي موفق نشدند. وقتي صدام مشاهده كرد شهر بصره و ساير شهرهاي عراق در آتش قهر رزمندگان اسلام شعلهور است، با دروغ و نيرنگ اعلام كرد به خواستة رجوي، سركرده گروهك منافقين، جنگ شهرها را قطع ميكند.
بيشترين حملات عراقيها در اين مدت به كرمانشاه صورت گرفت. از جمله در حمله روز هفتم آبان ماه 1365 كه كرمانشاه و اسلامآباد زير آتش بمب، راكت و مسلسل هواپيماهاي دشمن قرار گرفت، 120 شهيد و 580 مجروح شدند. همچنين در اين مدت تأسيسات نفتي خارك و نقاط مسكوني و صنعتي اصفهان، اراك، تهران، سردشت، خرمآباد، تبريز، لرستان، شيراز، آغاجاري، هفت تپه، گيلانغرب، آبادان، پتروشيمي بندرامام(ره)، راهآهن انديمشك و سدهاي دز و شهيد عباسپور، مورد حملههاي شديد هوايي دشمن قرار گرفتند.
دور جديد جنگ شهرها در اسفندماه 1363 آغاز شد؛ ارتش عراق وقتي از جبران شكستهاي خود در جبههها نااميد شده بود دوباره حمله موشكي و هوايي به شهرها و مناطق مسكوني و غيرنظامي را در دستور كار خود قرار داد. ايران نيز در مقابل اعلام كرد اگر عراق جنگ شهرها را متوقف نكند، بغداد را با موشك مورد حمله قرار خواهد داد. صدام و حاميانش اين ادعاي ايران را يك بلوف نظامي قلمداد كردند و به حملات كور خود با موشكهاي اهدايي اروپا عليه مردم كوچه و خيابان ادامه دادند. سپاه پاسداران انقلاب اسلامي اعلام كرد با موشكهاي ساخت ايران بغداد را خواهد زد. اولين موشك شليك شده توسط ايران، بانك هجده طبقه رافدين را در بغداد مورد هدف قرار داد. دومين موشك در باشگاه افسران ارتش عراق در بغداد فرود آمد و حدود دويست نفر از فرماندهان عراقي را به هلاكت رساند. ادامه حملات موشكي ايران به بغداد باعث شد صدام از بغداد فرار كند و به سامرا، يكي از شهرهاي امن كه از سوي فرماندهان ايراني اعلام شده بود، پناهنده شود.
عراقيها از اين حمله غافلگير شدند، اما يك مقام بلندپايه عراق در مكالمه تلفني با يك خبرنگار آمريكايي حمله موشكي ايران به بغداد را تكذيب كرد و گفت: «خرابكاران ايراني يك بمب در داخل ساختمان بانك كار گذاشته بودند كه به ساختمان آسيب رساند، ولي كسي را حتي مجروح نكرد.» سخنگوي وزارت خارجه آمريكا در واشنگتن نيز گفت: ما چنين برداشت ميكنيم كه انفجار بغداد انفجاري داخلي بوده است و نه يك بمباران. مطبوعات كويت نوشتند: پرتاب موشك به بغداد يك ادعاست.
حمله موشكي ايران به شهرهاي بغداد، بصره و العماره، هر چند محدود بود، اما موازنه جديدي را در جنگ شهرها برقرار كرد كه عراق آن را پيشبيني نميكرد و به نظر ميرسيد ادامه آن وضع با طولاني شدن زمان و افزايش حجم حملههاي ايران به شهرهاي عراق، آن كشور را از حمله به شهرها باز خواهد داشت؛ در غير اين صورت، عراق بايد عامل جديدي در جنگ شهرها وارد معادله كند.
عكسالعمل سازمانهاي بينالمللي و توافق 12 ژوئن
پس از اين اقدام ايران(مقابله به مثل) دبيركل وقت سازمان ملل متحد در پيامي از دولتهاي ايران و عراق خواست تا از حمله به مناطق مسكوني در خاك يكديگر خودداري كنند.
ايران براي سياست خود مبني بر خودداري از گسترش جنگ در مناطق غيرنظامي و براي رعايت حقوق انسان دوستانه، به تقاضاي دبيركل وقت پاسخ مثبت داد و رژيم عراق نيز بر اثر فشار افكار عمومي جهان در ظاهر موافقت خود را اعلام كرد و بدين ترتيب توافق«12ژوئن» 1984م (22 خرداد 1363) شكل گرفت.
به دنبال اين توافق و بنابر تقاضاي دبيركل شوراي امنيت سازمان ملل، قرار شد تا هيأتهاي ناظر آن سازمان براي نظارت بر اجراي مفاد اين توافق در تهران و بغداد مستقر شوند. اما پس از مدتي، رژيم عراق با استناد به دلايل غيرمعقول بارها توافق 12 ژوئن را ناديده گرفت.
سازمان ملل متحد پس از اطلاع از اين اقدام، هيأت ناظر خود مستقر در تهران را به بازديد از مناطق مورد حمله فرستاد و در گزارش خود به شوراي امنيت اين موارد را مورد تأييد قرار داد. اما رژيم عراق براي انحراف افكار عمومي و كاستن از فشارهاي بينالمللي به دروغ مدعي حملههاي مشابه ايران به مناطق مسكوني آن كشور شد.
عراق، سياست غيرانساني حمله به مناطق مسكوني را به منظور وادار ساختن ايران به قبول شرايط تحميلي آن كشور، همواره تكرار كرد. رژيم بعثي، در ديماه 1365 براي چندمينبار جنگ شهرها را آغاز و حمله به مناطق مسكوني و غير نظامي ايران را به وحشيانهترين وجهي دنبال كرد كه در پي آن، مدارس، دانشگاهها، بيمارستانها و... مورد حمله كور بمب و موشك قرار گرفتند و حتي اماكن مذهبي نيز مصون نماندند.
آخرين و حساسترين جنگ شهرها، حمله موشكي عراق به تهران و شهرهاي مركزي ايران بود. در اين اقدام از تاريخ دهم اسفندماه 1366 موشكباران تهران آغاز شد و تا يازدهم ارديبهشتماه 1367 ادامه يافت.
عراق در اين مدت، متجاوز از 170بار از موشك ميانبرد استفاده كرد و تلفات جاني و آسيبهاي مالي زيادي را وارد كرد. در اين مرحله نيز ايران بار ديگر براي توقف حملههاي عراق به اقدام متقابل روي آورد و از موشكهاي ميانبرد بر ضد آن كشور استفاده كرد.
مقابل به مثل يا اصل تقابل در تاريخ جنگ، همواره يكي از عوامل مؤثر ايران بود كه دشمن را از حمله به مناطق مسكوني و مردم غيرنظامي بازداشته است. با وجود اين، همواره خواستار اقدام بينالمللي براي توقف حمله به مناطق مسكوني بود و در همه مراحل جنگ شهرها، بارها در مجامع بينالمللي و همچنين در مراسم نمازجمعه تهران اعلام كرد كه از حمله به شهرهاي عراق بهعنوان عمل متقابل اكراه داشته و از هرگونه تلاشي براي اجراي توافق 12 ژوئن حمايت ميكند و در صورت خودداري عراق از انجام آن، از اقدام متقابل خودداري خواهد كرد.
البته عراق براي پايان دادن به جنگ شهرها، شروطي را مطرح كرد كه بسيار نامربوط و متزلزل بودند و راه از سرگيري آن را براي خود باز ميگذاشت. در شرايط پيشنهادي عراق براي پايان دادن به حملهها، مسئله بمباران شهرها به همه جنگ مرتبط شده و هيچگونه تمايزي بين اينگونه اعمال غيرقانوني و غيرانساني با اقدام دفاع مشروع در جبهههاي نبرد، مشاهده نميشد.
در شش ماه آغازين جنگ(1359) 413 بار به شهرهاي ايران حمله شد. اين تعداد حملات در سالهاي بعدي به شرح زير است:
571 بار 1360، 476 بار1361 260 بار 1362، 246 بار 1363، 790 بار 1364، 962 بار 1365، 745 بار 1366 و پنج ماه پاياني جنگ (1367) 306 بار. شهرهاي ايران در كل چهارهزار و 769 بار توسط رژيم بعث عراق مورد بمباران، موشكباران يا گلوله باران قرار گرفتند.
از آغاز تا پايان جنگ شهرها بالغ بر 127 شهر (بهعلاوه جزاير جنوبي كشور) مورد تهاجم قرار گرفتند. در بين اين شهرها آبادان با بيش از يك هزار و هفده بار، بيش از همه مورد تهاجم واقع شد كه در واقع اين تعداد معادل 3/21 درصد از كل مجموع حملات به كليه شهرهاي كشور است. شهر اهواز با 316 بار حمله و 6/6 درصد از كل حملات به شهرها در درجه دوم قرار گرفته و سپس دزفول 241 تهاجم يا 1/5 درصد از كل حملات را تحمل نموده است. برخي ديگر از شهرهاي ايران به ترتيب زير هدف حملات هوايي قرار گرفتند. اراك 57 بار، اروميه 77 بار، اسلامآباد غرب 112 بار، اصفهان 19 بار، انديمشك 52 بار، بانه 76 بار، بروجرد 51 بار، بوشهر 42 بار، پاوه 35 باره، پيرانشهر 78 بار، تبريز 76 بار، تهران 92 بار، خرمآباد 140 بار، خرمشهر 128 بار، جزاير مختلف خليج فارس 195 بار، زنجان 32 بار، سرپل ذهاب 67 بار، سردشت 99 بار، سنندج 61 بار، قم 67 بار، گيلانغرب 83 بار، مريوان 117 بار، همدان 109 بار، ايلام 177بار، مياندوآب 10 بار، نهاوند 44 بار و....
تعداد شهدا و مجروحين برخي از شهرها بر اثر حملات هوايي به شرح زير است:
آبادان5073 نفر، اراك 895 نفر، اروميه 1827 نفر، اسلام آباد غرب 1203 نفر، اصفهان 1650 نفر، انديمشك 2484 نفر، اهواز 8253 نفر، بانه1270 نفر، بروجرد1922 نفر، بهبهان 1535 نفر، پاوه 696 نفر، پيرانشهر 1026 نفر، تبريز 905 نفر، تهران 2597 نفر، خرمآباد 2354 نفر، دزفول 5326 نفر، سردشت 1444 نفر، سنندج 1446 نفر، شيراز 858 نفر، قم 1841 نفر، كرمانشاه 6080 نفر، گيلانغرب 725 نفر، مريوان 1269 نفر، مسجدسليمان 1803 نفر، ميانه 768 نفر و ايلام3334 نفر؛ در مجموع 76 هزار و 873 نفر در اثر حملات هوايي عراق به شهرهاي مختلف به شهادت رسيده و يا مجروح شدند.
63 درصد حملات هوايي توسط هواپيما، 9/4 درصد توسط موشك، 9/31 درصد توسط توپخانه انجام ميشد. بر اساس حقوق بينالملل، اقدامات غيرانساني رژيم بعثي عراق در آن سالها ميبايستي بيدرنگ در سال 1359 توسط شوراي امنيت سازمان ملل پيگيري و صدام بهعنوان نقضكننده صلح بينالملل تنبيه ميشد، اما حتي پس از صدور قطعنامه 598 و اعلام خاويرپرز دكوئيار، دبيركل وقت سازمان ملل مبني بر متجاوز بودن دولت عراق، پرونده اين تجاوز عملاً تا سقوط صدام و دستگيري و محاكمه و اعدام وي مسكوت ماند.